持有"马耳他永居移民"身份的个人可以自由进出马耳他境内，但对于是否可以自由进出欧盟境内，需要查看具体的条款。

根据欧洲联盟法规，马耳他是欧盟成员国之一，因此在签署《申根协定》后，成为了申根国家之一。这意味着，持有"马耳他永居移民"身份的个人可以在申根区内自由旅行，包括22个欧盟成员国以及4个非欧盟成员国。

尽管如此，需要注意的是，虽然这些个人可以在欧盟境内旅行，但如果计划在欧盟境内停留超过90天，则需要获得相应的签证或长期居留许可。此外，在某些情况下，可能需要提供其他文件和证明材料。

总之，持有"马耳他永居移民"身份的个人可以在申根区内自由旅行，但需要遵守相关规定并确保其身份和文件的合法性。